老师好，想问下有三个重复的转录组数据，是需要将三个重复都cat到一起吗？例如1_1.fq、2_1.fq和3_1.fq合并，1_2.fq、2_2.fq和3_2.fq合并再用hisat2比对后输入braker吗？还是直接将这六个fq文件cat到一起进行比对呀？
按照我们课程里面的代码，省事的做法建议把fq都cat一起，作为一个混合样本输入进行基因注释；
不然，分别输入有些命令需要相应更改；
课程参考：https://bdtcd.xetslk.com/s/2TnPfm
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