cnvnator -root ${i}.root -tree $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam -chrom 4 - 组学大讲堂问答社区

cnvnator -root ${i}.root -tree $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam -chrom 4

你好，我的参考基因组scaffold有24条，做CNV分析时，命令改怎么调整呢？

0 条评论

默认排序时间排序

2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-02-28 13:07

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

把对应的染色体号改成你的染色体号就行了；

红红火火 2024-02-28 21:33

是我要一个一个scaffold运行这个命令嘛？有24个scaffold就运行24下？

2 关注
0 收藏，737 浏览
红红火火提出于 2024-02-27 23:18