请问老师，对基因组数据进行处理，保留最长转录本为何会出现一个基因有两个5端UTR？如截图所示。

老师，您看这条基因GnomonmRNA41473094172711.-.ID=rna-XM_038109278.2;Parent=LOC105391084;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;Name=XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;model_evidence=Supporting evidence includes similarity to: 1 mRNA%2C 3 ESTs%2C 46 Proteins%2，按道理讲保留得最长转录本应该只有一个阿？而且就算是这条基因有多个转录本，出现多个utr是正常的，那应该XM也是不一样的，而这个基因XM一致，说明是同一个转录本，但是有两个UTR。

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shidandan

不好意i是，截图太大好像没有上传，我复制一下文本叭：NC_063997.1Gnomonfive_prime_UTR41690204169029.-.ID=nbis-five_prime_utr-5896;Parent=rna-XM_038109278.2;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;product=phospholipid-transporting ATPase ABCA3;transcript_id=XM_038109278.2

NC_063997.1Gnomonfive_prime_UTR41724664172711.-.ID=nbis-five_prime_utr-5896;Parent=rna-XM_038109278.2;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;product=phospholipid-transporting ATPase ABCA3;transcript_id=XM_038109278.2

NC_063997.1Gnomonthree_prime_UTR41473094147720.-.ID=nbis-three_prime_utr-5898;Parent=rna-XM_038109278.2;Dbxref=GeneID:105391084,Genbank:XM_038109278.2;experiment=COORDINATES: polyA evidence [ECO:0006239];gbkey=mRNA;gene=LOC105391084;product=phospholipid-transporting ATPase ABCA3;transcript_id=XM_038109278.2

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  • shidandan 提出于 2024-03-22 20:18

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