GWAS分析中,发现最显著的信号SNP的位置是在一个基因的同义突变。

请问老师,这种情况下应该怎么处理?发现最显著的信号几个SNP,注释找到基因后,发现都是对应在同义突变上,但是这些现在的同义SNP附近是存在非同义的SNP的,比如

NC_063984.1 5757192
NC_063984.1 5757206
NC_063984.1 5757246

在染色体4号上,5757206和5757246是信号最显著的同义SNP,5757192位置有一个非同义SNP。

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

由于与表型关联的SNP附近区域都具有连锁性;并不一定最显著的SNP是关键引起功能差异的SNP,例如,以下文章中起作用的就不是最显著的SNP;

红色箭头处


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  • shidandan 提出于 2024-04-09 13:48

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