请问在用SURVIVOR进行多样本SV合并出错

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在用SURVIVOR进行多样本SV合并时，生成的合并vcf里只保留了两个样本的信息，命令如下SURVIVOR merge sample_files 1000 2 1 -1 -1 -1 group_merged.vcf，sample_file里包含manta和delly鉴定出来的SV

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-04-15 09:52

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可能是格式问题导致合并出现错误吧；

夏河 2024-04-19 22:21

因为这两个工具的vcf有问题是吗，delly鉴定的SV是这样的，SVTYPE都是BND的，这是可以的吗，manta的vcf能跑通admixture，但是delly的不行。