老师好，我写了sh后台运行ParaAT 多序列比对
查看运行完成的日志文件时，大多数物种都出现这个报错情况：

在将氨基酸序列（pep）转换为核酸序列（nuc）时发现了不一致性

并且继续用这个结果进行下一步的合并分析时#合并成supergene

seqkit concat ./aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta

输出的结果是空的……

前面都是按照课程的脚本跑的

请问该怎么处理这个报错呢？