为什么我hifiasm组装出来的文件基本都是空的呢?

attachments-2024-04-0geTGauG661d420b161fa.png

source ./env.sh


cd $workdir

mkdir 10.assembly_hifiasm

cd 10.assembly_hifiasm


hifi=$datadir/dujuan_output.fastq

hifiasm -o hifi.asm -t 8  $datadir/dujuan_output.fastq  


#get primary contigs in FASTA

awk '/^S/{print ">"$2; print $3}' hifi.asm.bp.p_ctg.gfa > hifi.asm.bp.p_ctg.fasta    这是运行代码

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

hifiasm 主要用pacbio ccs的HiFI测序数据组装,你的ONT的数据错误率高 组装不出来;

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  • 烟雨易冷 提出于 2024-04-15 23:05

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