计算机使用的是公共集群，使用conda配置的环境，使用conda安装的qualimap。

使用sbatch提交命令

运行命令如下，因为字数限制将软件路径和文件路径都省略了：

#!/bin/bash

conda activate mapping

ls ${bwadir}/*.sorted.dedup.bam | while read id

do

  name=${id##*/}

  name=${name%%.*}

  #1.比对率分析

  $samtools flagstat ${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam > ${bwa_qcdir}/${name}.map.stat.txt

  #2.片段inner size，片段选择是否异常

  $picard CollectInsertSizeMetrics -Xmx4g \

      I=${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam \

      O=${bwa_qcdir}/${name}.insert_size_metrics.txt \

      H=${bwa_qcdir}/${name}.insert_size_histogram.pdf \

      M=0.5

  #3.测序深度与覆盖度统计

  $qualimap bamqc --java-mem-size=2G -nt 8 -nr 10000  -bam ${bwadir}/${name}.sorted.dedup.bam -outfile report.pdf -outformat PDF  -outdir ${bwa_qcdir}/${name}.depth_and_coverage_report

done

if [ $? -eq 0 ]; then

       touch  ${bwa_qcdir}/ok.cucumber_bwa.qc.status

    else

       touch  ${bwa_qcdir}/failed.cucumber_bwa.qc.status

fi

最后运行的时候  #1.比对率分析和#2.片段inner size，片段选择是否异常这两个能正常运行成功，但是#3.测序深度与覆盖度统计这一部分qualimap出现报错

后续在网上搜了一下需在~/.bashrc 环境种输入这段修改JAVA的环境设置

export JAVA_OPTS=-Djava.awt.headless=true

但是这样也还是不行，还是显示上面报错。

请老师们帮忙解答一下怎么解决！