重测序批量循环样本比对bwa

老师您好，重测序有1000多样本，用课程里循环的方式太麻烦了，而且我的数据都不在一个文件夹，数据的命名规则也不一致，目前已经将样品名，双端数据都整理在一个list里了，有没有相关脚本来替换课程的循环脚本？课程里给的脚本里好多步骤都是用的循环

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分类：重测序

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omicsgene - 生物信息 2024-05-09 12:06

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以整理一个样本数据文件列表，第一列为样本ID，第二列为fq1的文件绝对路径，第三列为fq2的文件绝对路径；把for循环替换成while 循环；

例如：

cat data-path-list.txt | while read i fq1 fq2;do
bwa mem  $BWA_INDEX  $fq1 $fq2 -t 1 -M \
        -R "@RG\tID:${i}\tLB:${i}\tPL:ILLUMINA\tSM:${i}" \
        |samtools view -bS -h - > $workdir/3.map/bwa/${i}.bam
done

重测序批量循环样本比对bwa

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