小麦GATK索引问题:对多个g.vcf.gz文件合并,遇到的问题?

attachments-2024-05-WmxV0HJ1664c7c352a4a8.png

请先 登录 后评论

2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

你是不是拷贝移动gvcf的时候一并把那个tbi文件也拷贝一下;


或者按照提示建立gvcf的索引文件,GVCF GATK生成的时候有这个索引文件,

gatk  --java-options "-Xmx50g" IndexFeatureFile   -I file.g.vcf.gz
请先 登录 后评论
Smile man

attachments-2024-05-36IsAWRg664d85f7ae0e3.png我们无法使用建立gvcf的索引文件,不知道是什么原因?

attachments-2024-05-meh2sq1e664d86016a2b6.png

请先 登录 后评论