老师您好，我按照课程提供的流程泡自己的数据，在构建进化树的时候利用run_pipeline.pl -Xmx200G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter这个命令操作的，但生成的supergene里面有好多命名重复，这是怎么回事？由于这个重复就导致我没法做进化树

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

对的，这是phylip文件格式的限制，样本名字最多10个字符，多出的字符自动截掉了，你可以自己修改一下样本名字再分析这部分内容；

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  • per 提出于 2024-06-04 16:19

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