使用run_pipeline.pl将vcf.gz文件转换为.phy文件后运行该命令，出现报错，报错内容如下图：
phy文件检查了一下序列部分都是IUPAC nucleotide code所对应的字母，也含有"."这个字符。另外就是第一列的物种名中含有“F”、“L”、“P”这三个IUPAC amino acid code里的字符。
出现识别为蛋白序列的报错是什么原因呢？是"."这个字符的原因还是物种名中的“F”、“L”、“P”这三个字符的原因呢？
建议你截图说明你的输入文件，看不到你的文件不好指出问题所在；
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phy文件检查了一下序列部分都是IUPAC nucleotide code所对应的字母，也含有"."这个字符。另外就是第一列的物种名中含有“F”、“L”、“P”这三个IUPAC amino acid code里的字符。
