请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

/data/soft/gemma/gemma-0.98.5-linux-static-AMD64 -bfile /wtmp2/user049/yushiyan/prune_/alleledphwemafmissing_LDfiltered.snps -p /wtmp2/user049/yushiyan/phenotype/pheno.txt -c /wtmp2/user049/yushiyan/pca/cpca_no1.txt -lm 1 -n 1

Reading Files ...

**** INFO: no intercept term is found in the cvt file: a column of 1s is added.

## number of total individuals = 21

## number of analyzed individuals = 21

## number of covariates = 4

## number of phenotypes = 1

## number of total SNPs/var = 163138

## number of analyzed SNPs = 102296

================================================== 100%

**** INFO: Done.

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分类：遗传进化

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-07-01 10:09

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

不知道你的PCA行是样本还是列是样本，

我们一般行是样本，列是主成分。你删除第一行有问题吧；

请问为什么三个pca成分成为作为pca协变量控制群体结构对GWAS关联准确性的影响进行GLM和LLM时，识别到四个协变量，删除第一行截距后，仍旧识别到四个协变量，这是为什么啊

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