单细胞测序数据差异分析

#不同类型细胞差异比较：

Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \

-p FindMarkers --ident.1 "CD4 Naive T" --ident.2 "B" --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25

这里只能进行两两分析吗？--ident.2后面可不可以加多种细胞类型的名称，即"CD4 Naive T"与剩下的其它所有Cluster分析？如果想这样分析应该怎么操作？

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分类：转录组

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2024-07-02 17:37

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

那可以这样写： --ident.2 不设置即可

Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \
    -p FindMarkers  --ident.1 "CD4 Naive T"     --test.use  DESeq2   --logfc.threshold 0.25

可以这样看看脚本帮助：

单细胞测序数据差异分析

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