那可以这样写: --ident.2 不设置即可
Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \
-p FindMarkers --ident.1 "CD4 Naive T" --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25
可以这样看看脚本帮助:
![attachments-2024-07-6LFZ2ueE6683cad9ea3df.png](https://www.omicsclass.com/image/show/attachments-2024-07-6LFZ2ueE6683cad9ea3df.png)
#不同类型细胞差异比较:
那可以这样写: --ident.2 不设置即可
Rscript $scripts/seurat_FindMarkers.r --rds $workdir/05.cell_type_ann/pbmc.added.celltype.rds \
-p FindMarkers --ident.1 "CD4 Naive T" --test.use DESeq2 --logfc.threshold 0.25
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