怎么过滤vcf文件中INFO列中的DP参数?

attachments-2024-08-fVqe0og266ab62834dd89.pngattachments-2024-08-fnkRiFRR66ab628c99059.png怎么根据vcf文件中INFO列中的DP参数来过滤snp位点?用了vcftools的--minDP和--maxDP无法过滤DP低的snp位点

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

vcftools过滤不了这个info列的DP,应该是过了FORMAT列的DP,可以尝试使用 snpSift 做过滤:

参考:https://pcingola.github.io/SnpEff/snpsift/filter/ 

请先 登录 后评论