用stringtie组装gtf文件以后，estimate abundance后生成的gtf文件包含新的geneid和transcriptid，而基因组原有部分gene-id会被新的MSTRG.1取代，也会有很多原gtf文件中没有的mstrg 号，即使鉴定出表达差异基因也是很多基因也是mstrg的geneid，这种情况如何解决？ - 组学大讲堂问答社区

5 用stringtie组装gtf文件以后，estimate abundance后生成的gtf文件包含新的geneid和transcriptid，而基因组原有部分gene-id会被新的MSTRG.1取代，也会有很多原gtf文件中没有的mstrg 号，即使鉴定出表达差异基因也是很多基因也是mstrg的geneid，这种情况如何解决？

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microRNA 2018-12-21 13:02

这个需要见你输入的GTF文件的格式，一般来说是GTF或GFF文件中注释信息不规范。

提供一个规范的格式供你参考：

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十年... ... 提出于 2018-12-20 23:47