老师请问以下就是circos图中，染色体怎么设置才能使按照1到13这种顺序排列，还有就是圈图中，染色体间的共线性线条怎么才能换成几种颜色，并不是单一的颜色。图1那种结果，而不是图2的那种结果。

默认排序时间排序

1 个回答

Ti Amo 2024-08-14 14:30

需要检查一下circos绘图配置文件提供的karyotype文件，比如我这里就是Vitis_vinifera.karyotype.txt这个文件：

主要检查第三列和第四列，看看是否是自己想要的顺序

如果这里没问题但是顺序仍然不是自己想要的，可以在配置文件里强行指定顺序：

chromosomes_order=1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12,13,14,15,16,17,18,19

2. 共线性颜色

找到配置文件中的设置共线性连线的区域，按照这个写法进行修改：