80 老师好，请问应该怎么下载/处理原始数据才能在single-cell:v3.0镜像里进行分析呢？
老师好，我们在处理原始数据的时候遇到了问题，已经困扰我们一个多月的时间了，不得以来请教老师，非常抱歉打扰您了：
我们这个月尝试了很多方法都不行，最近尝试的方法是：在GEO数据库上下载GSE154778的TAR文件（图1），下载好后，解压为16个样本（图2），上传到服务器后，又将每个样本解压为3个文件（图3），并将文件前缀名字都改成bamtofastq（图4），在云服务器按照cellranger命令运行后报错（图5）。
想请问老师，我们应该怎么下载/处理原始数据才能在single-cell:v3.0镜像里进行分析呢？请老师指点迷津，谢谢！
- （图1）
- （图2）
- （图3）
- （图4）
- （图5）
最佳答案 2024-08-23 17:56
你这个数据已经跑完了cellranger，不需要跑cellranger了；表达矩阵已经出来了，就是这三个文件；
把每个样本的三个文件分别放到不同的文件夹，直接读入数据即可：参考这个：https://www.omicsclass.com/article/2498
更多例子：https://www.omicsclass.com/article/2482
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