去掉了所有结构域缺失的序列想做做蛋白质全长多序列比对看看，结果发现序列缺失，如图：，但是前期在数据库看的时候确实有这个结构域如图，打开WRKY_pep_final_aligned文件后发现是这种情况：，但是其他序列比对后是，感觉是muscle -align WRKY_pep_final.fa -output WRKY_pep_final_aligned.fasta这一步出了问题，请问这种情况怎么调整呢？
这是muscle比对之后得到的结果。如果想调整，可以手动对WRKY_pep_final_aligned.fasta文件调整
，打开WRKY_pep_final_aligned文件后发现是这种情况：
，但是其他序列比对后是
，感觉是muscle -align WRKY_pep_final.fa -output WRKY_pep_final_aligned.fasta这一步出了问题，请问这种情况怎么调整呢？