咱们gwas分析的脚本中的tassel的run_pipeline.pl工具为什么在计算变异位点p值的时候，会自动过滤掉indel。我想同时计算indel的p值，需要怎么做？代码如下：

run_pipeline.pl -Xmx30G -fork1 -h hapmap.ordered.hmp.txt \

    -fork2 -t $tassel_trait -fork3 -q $structure -excludeLastTrait \

   -combine5 -input1 -input2 -input3 -intersect -FixedEffectLMPlugin \

   -endPlugin -export hd_GLM_structure

是否可以通过在这条命令中添加什么参数，让它不过滤indel，同时计算indel的p值呢？