能否不跑Repeatmasker 产生结果文件contig.fa.tbl

我第一次注释重复序列时没有给DNA-MITE进行分类,但是最终的统计信息里MITE类的转座子占了20%,然后我重新使用DeepTE对MITE转座子进行了分类,请问老师能否不重新跑RepeatMasker得到contig.fa.tbl的重复序列信息统计文件

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1 个回答

Ti Amo

为了维持统计表格的一致性,还是建议再跑一次RepeatMasker。也可以手动统计,如果你有足够的linux基础,可以手动统计每个MITE类型的序列数目、序列总长度、在基因组的占比等,再手动写到表格里。但是你的gff也需要重新整理MITE信息。

可以参考后面一步RepeatMasker汇总重复信息再跑一次信息统计,命令如下:

RepeatMasker -e rmblast -gff -xsmall -html -norna   -source  -no_is -pa 线程数 -s -lib 所有重复序列的fa文件 contig.fa

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