10 picard处理后的bam文件被gatk识别为多个样本怎么办?

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最佳答案 2024-09-14 21:34

请截图 说明问题,没遇到过这样的问题;

你的bam文件生成的时候有问题吧;bwa比对的时候;是不是有错误;

你把你的分析过程命令贴一下才好给你说明问题; 

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其它 1 个回答

守得云开雾现。

sam文件流程:bwa mem -t 10 cankaojiyinzu.fa YZ26_T240604_0090_1.fq.gz YZ26_T240604_0090_2.fq.gz > YZ26.sam

bam流程: samtools view -bhS -t cankaojiyinzu.fa.fai -o YZ26.bam YZ26.sam

bam到去除重复都是按照重测序分析课程流程的命令进行的.gatk分析命令也是按照重测序课程进行的,

报错问题: A USER ERROR has occud: Argument emit-ref-confidence has a bad value: Can only be used in single sample mode currently. Use the --sample-name argument to run on a single sample out of a multi-sample BAM file.




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