5 WGCNA分析基因的筛选

做WGCNA的时候,用两个材料做的时间点处理,总共检测到表达的有8万多个,但是每个材料处理间差异表达基因就有一两万个,差异基因并集有2.5万个,需要再怎么筛选一下?

样品是8组,24个样,可以用8组来分析吗,还是要用24个样分析?
请先 登录 后评论

1 个回答

microRNA

1.  基因比较多,可以过滤掉低表达的基因。

2. 不要用差异表达的基因: https://www.omicsclass.com/article/649 

3. 采用24个样本,WGCNA 需要的是样本越多越好。分析时间跟样本量多少关系不大,跟基因数量比较大。

4. 基于不同的项目,可能还需要灵活的处理一下,推荐您学习我们的WGCNA课程:WGCNA-加权基因共表达网络分析》 

请先 登录 后评论