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老师,我有141个样品,现在IndexFeatureFile,tabix,bcftools都无法成功构建gvcf的索引,只有CSI格式能成功索引,这个格式在后续也用不了,这个gvcf索引还有其他的解决办法嘛,还是说我只能重新生成vcf文件了
gvcf
0 条评论
分类:
重测序
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1 个回答
omicsgene
- 生物信息
2024-10-21 18:07
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS
看看服务器内存多少,内存不够也可能出现这个问题:
free -h #查看内存
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啊呀。
提出于 2024-10-21 16:30
相似问题
老师,在生成gbcf文件后,发现只运行了前三个染色体的,是我的代码有问题嘛?该怎么解决啊?参考基因组的fasta,fai文件都是好的,前期生成的bam文件也是好的,样品是四倍体,参考基因组是异源四倍体
1 回答
老师,我的db文件夹里显示了所有染色体都已经导入,但是在将gvcf转换成vcf时,发现在Lc2Ns染色体就结束完成了,这是正常现象嘛,是我使用的近源种参考基因组的原因嘛?我的是简化基因组测序的
1 回答
老师,问题比较复杂,麻烦您看一下详细的问题描述,小麦基因组
1 回答
按照您昨天提供的IndexFeatureFile 工具来构建gvcf文件索引时,依旧出现报错现象,无法索引,怎么办
1 回答
成功得到了gvcf文件后,合并gvcf文件时,在导入db步骤中,由于gvcf文件超出了idx索引的处理范围,因此我使用CSI建立索引后,发现导入db的代码依旧无法运行,需要idx格式的索引,怎么办
2 回答
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