老师～～～
enrichGSEA是用FindMarker处理后的deg文件跑的（ident1和ident2没反，ident2是ctrl），也尝试调整pvalue和logfc去跑gsea，结果差不太多

桌面版GSEA是输入了average expression的文件

很多标志性的通路在enrichGSEA跟我们的预期都是反的，而在桌面版的结果又是符合我们预期的。

当然并不是全部通路都是相反的，但是很多都是反的，这是为啥呢

#图一 （有红色框框，是enrich GSEA的输出文件）

#图二三 是软件跑的结果

补充：我的数据里是有4组，并非treatment/control两组而已，无重复，四个独立组，出DEG时，只选其中两个，不考虑其他两组。
然后发现，在软件GSEA，因为要上传cls文件，提供组别信息，如果我不把四组列出来，只列我想比较的两组，跑出来的结果也会有好多条我认为标志性的通路时反的。