动植物泛基因组分析实操课程资料问题 - 组学大讲堂问答社区

动植物泛基因组分析实操课程资料问题

在动植物泛基因组分析实操课程中，首先，发的百度网盘的资料中ara_pangenome/01.prepare_data文件夹解压出来是空的；其次，运行01.prepare_data.sh命令时，出现错误，而且我发现教程中的演示（在动植物泛基因组分析实操课程，中的数据准备实操这节课16:38分位置）也是出现了一样的错误（Using standard /share/work/biosoft/perl/perl-5.22.1/lib/site_perl/5.22.1/auto/share/dist/AGAT/agat_config.yaml file

The test to apply is Wrong: !.

We want something among this list: <,>,<=,>=,! or =.[），最终导致运行结果是空的

3 条评论
分类：视频课程

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2 个回答

omicsgene - 生物信息 21小时前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

01.prepare_data 文件夹里面的内容太多，没有释放；

AGAT的报错我们在docker镜像里面已经更新解决了；看看你运行的镜像版本是不是课程指定的版本；

山枫 21小时前

老师，我是用的omicsclass/pan-genome:v1.0镜像，是课程资料里面pip.sh里面的要求的镜像，也是课程中用到的镜像，应该是课程发的资料里面没有更新说明。那老师，如果我想要更新后的镜像和资料，应该怎么获取？还有01.prepare_data 文件夹的内容我应该怎么获取？

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山枫提出于 22小时前