我想问一下,下载山羊基因组的时候,gff文件有两个一个Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz, 一个是Capra_hircus.ARS1.113.gff3.gz, 我想问一下这个两个有什么区别,我如果比对重测序数据的话,下载哪个比较好?
因为你没有给我们提供文件的信息,无法具体进行判断,只能通过文件名字推断“Capra_hircus.ARS1.113.chr.gff3.gz”可能是是包含染色体水平的基因组的注释信息文件,具体选择哪个还要看你自己的分析需求
这个你要看看文件说明,或者自己打开看看的;
我推测 chr版本是染色体的,不包含其他scaffold;
另外文件是包含所有序列的,如果要完整的话建议选择这个文件;
具体还需要你去打开文件观察验证的;
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