重测序遗传变异过滤

老师请教下,在对群体的变异进行过滤的时候,为什么min and max-alleles都是2,在群体中,一个位点的变异很可能大于2呀,这样的设置不会导致过滤掉丰富变异的位点吗?vcftools --gzvcf all.varFilter.vcf.gz --recode --recode-INFO-all --stdout --maf 0.05  --max-missing 0.7  --minDP 4  --maxDP 1000  --minQ 30 --minGQ 80 --min-alleles 2  --max-alleles 2

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