重测序

我用的指令是nohup sh 2.data_qc.sh >2.data_qc.sh.o& , 现在显示的错误是cat: /data/data.txt: No such file or directory

但是我把这个命令粘贴到屏幕上就可以运行,在sh里面怎么说找不到文件那。命令如下

for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do
echo "RUN CMD: fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \
    --unqualified_percent_limit 50 \
    --n_base_limit 10 \
    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \
    -I $datadir/${i}_2.fastq.gz \
    -o ${i}_1.clean.fastq.gz \
    -O ${i}_2.clean.fastq.gz \
    --detect_adapter_for_pe \
    -h ${i}.html -j ${i}.json"

fastp --thread 50 --qualified_quality_phred 10 \
    --unqualified_percent_limit 50 \
    --n_base_limit 10 \
    -i $datadir/${i}_1.fastq.gz \
    -I $datadir/${i}_2.fastq.gz \
    -o ${i}_1.clean.fastq.gz \
    -O ${i}_2.clean.fastq.gz \
    --detect_adapter_for_pe \
    -h ${i}.html -j ${i}.json \  
    
done

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

work.sh 里面的下面两行贴在2.data_qc.sh  文件最前面; 这两个shell变量需要设置一下; 

datadir=

workdir=

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