基因组组装后进行merqury评估出现问题

老师你好,我分单倍型进行了基因组组装,其他结果都不错,就发现两个单倍型merqury结果不好,有些染色体结果是0,请问这是什么原因?

attachments-2024-12-0ZqOy4qd67567c91064a4.png还有个问题是map运行过程中提示如图2,但是我查看了fai文件(图3),染色体名称似乎没有问题,请问这是怎么回事?

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1 个回答

Ti Amo

首先主要需要关注的结果是merqury_out.qv这个文件,我看你的一致性都很高,说明组装得蛮好的。

其次你提问的这个文件里面第二列表示的是“基因组中特有的kmer”,这个数目是0说明染色体所有的kmer都可以在测序数据里面找到,也是表示这个染色体组装一致性高的意思。

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  • 陈黑手 提出于 2024-12-09 13:17

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