基因组注释问题

我在运行16.GeMoMa.sh,出现图1中的报错,我查看了database中gff文件,内容如图2,感觉不像是正常gff3文件的内容,图3是AI解答,是不是database中文件有错误?

attachments-2024-12-35mp7yma67619466aa7f3.jpgattachments-2024-12-fxdtGg8w6761946b2b2fd.pngattachments-2024-12-aqb4g1UX6761947e5c27c.png

请先 登录 后评论

2 个回答

陈黑手

还想补充一个问题,因为我的物种是杨树,已经多个基因组公布,我能不能根据他们来进行同源预测,需要的gff文件是什么样的,因为我在phytozome下载的gff3文件打开跟database中的gff内容不一样,还有就是我计划用毛果杨4.1版本做17.liftoff.sh,想问下应该用下图中哪个gff3文件?还有就是18.PASA.sh中est应该用下图中哪个文件?

attachments-2024-12-nYLug0DA67619bd5020c7.png

请先 登录 后评论
Ti Amo

图2前面都有“#”说明是gff的注释行,显示的内容是你这个gff的contig名称,空格键往下翻就能看到gff的文本内容。你用的这个水稻的gff应该不是我们提供的,我们提供的水稻gff是这样的:

attachments-2024-12-pNFBSG6P676236ab60674.png

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,87 浏览
  • 陈黑手 提出于 3天前

相似问题