怎么从全部的300份重测序数据的vcf.gz文件中抽出自己的想要的200份数据

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omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

可以用vcftools提取想要的样本SNP数据,准备一个文本文件,一个样本名字一行:sample.txt

vcftools --vcf input_file.vcf  --keep sample.txt --recode --recode-INFO-all --out sub_SNP
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  • Max 提出于 3小时前

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