vcftools 过滤等位基因。 老师,用的同样是vcftools过滤indel snp后生成的vcf.gz,然后进行等位基因过滤,生成文件很小是为啥啊,我看过滤条件也不严格啊

vcf.gz是1.5G,等位基因过滤生成个900多B的文件,感觉不是想要的东西

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

看看你的过滤条件是不是太严格了,你适当放宽条件;

不同的数据测序深度,样本数量都不一样,灵活调整参数;

不知道你的过滤条件是啥,最好把你的数据基本情况介绍一下,使用的命令行贴一下好给你建议;

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  • Max 提出于 21小时前

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