泛基因家族分析cds提取出现killed

[root@c4bf00d21ba0  09:33:02 /work]# cd 01.cotton_data_prepare

[root@c4bf00d21ba0  09:33:29 /work/01.cotton_data_prepare]# ll

total 1.8G

-rw-r--r-- 1 root root  23M Dec 20 15:55 AD4_JGI.annotation.gff3.gz

-rw-r--r-- 1 root root 1.3G Dec 20 15:55 AD4_JGI.genome.fa.gz

-rw-r--r-- 1 root root 466M Dec 20 16:48 AD4.longest_isoform.gff3



[root@c4bf00d21ba0  09:45:29 /work/01.cotton_data_prepare]# /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl --gff3  ./${ind}.AD4.longest_isoform.gff3 --fasta ./${ind}AD4_JGI.genome.fa.gz --seqType CDS >./${ind}.cds.fa

Killed


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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

数据量大,需要电脑内存足够才行,不然系统会自动杀死:https://www.omicsclass.com/article/1413

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樱子阳

练习用的服务器内存,不能满足这个运行嘛。自己电脑是16g的内存

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