老师您好，在经过您的2024转录代谢培训班后，我自己运行WGCNA是出现卡住的问题

# 将邻接转化为拓扑重叠

TOM <- TOMsimilarity(adjacency, verbose = 0)

dissTOM <- 1 - TOM

# 调用层次聚类函数

用R跑代码到这句的时候就卡住不动了，之前跑过样本量更大的数据都可以正常运行，我尝试过重启和减少数据量，最后都会卡在这块，请问老师这是什么原因啊，再有想请问老师如何筛选用来做WGCNA的转录组和代谢组数据啊，有具体方法吗，谢谢老师

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1 个回答

安生水 14小时前

擅长：perl,基因家族,linux,chip-seq

没有遇到过你说的这种情况，流程正常情况下是不会报错的，你可以检查下自己的数据：样品数量是否大于15；样品表达量文件格式及数据是否有异常。