老师好,请问我在群体遗传分析构建进化树这一步运行转换为phy格式的文件,“run_pipeline.pl -Xmx180G -importGuess $workdir/00.filter/clean.vcf.gz -ExportPlugin -saveAs supergene.phy -format Phylip_Inter” 得到了如下结果,一直提示不能有染色体名称为空的行,但是我检查了我的vcf文件,第一列没有是空的行啊,请问这种情况怎么解决?
解决了,vcftools过滤完最后有2行记录信息没有#注释,一行是从多少位点中过滤出多少位点,一行是用时多久,把这两行删掉就好了