想咨询一下,宏基因组功能注释的视频中,有一步是用cds.fa文件注释物种,想咨询一下,这个物种注释出来后,应该如何计算丰度?是根据前面cds.count来计算吗,这样计算出的物种丰度可靠吗?因为有些物种可能基因很多。

这样的物种注释,有很多人在用吗,谢谢

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1 个回答

xun - 电路元件工程师

是的,物种注释一般用reads直接比对的丰度估计精准,
contig的物种注释的更精准,
两种都有用的,现在后者用的多一点

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