群体sv分析

用三代数据sv结果对二代数据进行基因分型,合并两个结果时出现问题,bcftools merge合并的结果,缺失率太大,导致用plink进行pca分析时因缺失率太高无法进行,survivor merge 1000 1 1 0 0 50,合并后样本名减少,并且计算Fst为几个固定值。不知道要如何处理,希望能收到答复。谢谢

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