老师 我想问一下就是这个snp的统计是哪里呀 我视频里面看啦 说是SNP_gene_ann.stat里面的最后一列total ,但是我统计出来有一千五百多万,才36个个体 会不会太多了呀,还是直接wc -l对vcf文件进行统计呀

attachments-2025-01-cjzH1QxH677c8d01f3fa3.pngattachments-2025-01-bTZLVE8i677c8d0d51576.pngattachments-2025-01-TxYyknJl677c8d11570ef.png

请先 登录 后评论

1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

gz 压缩文件不能直接wc -l 统计行数,需要解压才行:

zcat vcf.gz|wc -l


我不知道你怎么统计的,重测序数据多基因组大,百万级甚至千万级SNP数量也正常吧;

请先 登录 后评论
  • 1 关注
  • 0 收藏,124 浏览
  • 烟雨易冷 提出于 2025-01-07 10:11

相似问题