重测序

一行一个任务是什么意思？下面的这个命令，怎么改可以并行运行？

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#GATK call SNP

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cd $workdir #回到工作目录

mkdir -p $workdir/4.snp_indel/GATK

cd $workdir/4.snp_indel/GATK

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#方法2：样品多可先生成GVCF，再合并,适用于集群服务器，可并行运行，

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# 每个样品分开运行,生成gvcf

for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do

echo "RUN CMD: gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF \

-I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \

-O ${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4 --sample-ploidy 2 \

-ERC GVCF --tmp-dir $tmpdir"

gatk --java-options "-Xmx100g" HaplotypeCaller -R $REF \

-I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \

-O ${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4 --sample-ploidy 2 \

-ERC GVCF --tmp-dir $tmpdir

done

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分类：重测序

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 4天前

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

linux基础不好建议学习学习linux基础课：https://bdtcd.xetlk.com/s/17gwqZ

下面的这个代码你运行一下，打印每个样本的任务，到 gatk.sh

for i in $(cat $workdir/data/data.txt); do
  echo "gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R $REF   \
    -I $workdir/3.map/result/${i}.sorted.dedup.bam \
    -O ${i}.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2 \
    -ERC GVCF --tmp-dir $tmpdir"

done >gatk.sh

然后批量运行这个gatk.sh 这个就行；

重测序视频课程里面也讲过，你看视频要有耐心，不要快进看；

重测序

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