重测序

我想问一下,我重测序call SNP 的时候用并行命令运行 nohup ParaFly -c  gatk.sh -CPU 4 > gatk.sh2.o& ,每条命令是gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R /work/ref/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna       -I /work/3.map/result/SRR1999390.sorted.dedup.bam     -O SRR1999390.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4  --sample-ploidy 2     -ERC GVCF --tmp-dir /work/tmp


但是这个命令运行的时候,如果中间有些原因断开的话再去重新运行的话,前面call 过的SNP会被覆盖掉,又会从头开始跑。没有办法让这个命令接着前面的跑,不被覆盖掉?

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1 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长:重测序,遗传进化,转录组,GWAS

没有办法接着继续GATK不支持,中途断开了只能重新跑;

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  • 随风 提出于 3天前

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