没有办法接着继续GATK不支持,中途断开了只能重新跑;
我想问一下,我重测序call SNP 的时候用并行命令运行 nohup ParaFly -c gatk.sh -CPU 4 > gatk.sh2.o& ,每条命令是gatk --java-options '-Xmx100g' HaplotypeCaller -R /work/ref/GCF_001704415.2_ARS1.2_genomic.fna -I /work/3.map/result/SRR1999390.sorted.dedup.bam -O SRR1999390.g.vcf.gz --max-alternate-alleles 4 --sample-ploidy 2 -ERC GVCF --tmp-dir /work/tmp
但是这个命令运行的时候,如果中间有些原因断开的话再去重新运行的话,前面call 过的SNP会被覆盖掉,又会从头开始跑。没有办法让这个命令接着前面的跑,不被覆盖掉?