for species in Anser_brachyrhynchus Equus_caballus Homo_sapiens Mus_musculus Oryctolagus_cuniculus Ovis_aries_rambouillet Sus_scrofa.Sscrofa;do

  genome=$datadir/$species.genome.fa.gz

  gff=$datadir/$species.gff.gz

  #保留蛋白编码基因

  agat_sp_filter_feature_by_attribute_value.pl --gff  $gff --attribute biotype --value protein_coding -t '!' -o $species.protein_coding.gff3

  #保留最长转录本

  agat_sp_keep_longest_isoform.pl --gff $species.protein_coding.gff3 -o $species.longest_isoform.gff3

  #Ensembl 下载的基因组 会在基因和mRNA ID前面加gene: 和 transcript:这里给去掉

  sed -i 's/gene://' $species.longest_isoform.gff3

  sed -i 's/transcript://'  $species.longest_isoform.gff3

  #提取cds序列

  /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3 --fasta $genome  --seqType CDS >$species.cds.fa

  #提取pep序列

  /share/work/biosoft/TransDecoder/latest/util/gff3_file_to_proteins.pl  --gff3  $species.longest_isoform.gff3  --fasta  $genome --seqType prot >$species.pep.fa

  #提取cds 转换成OrthoFinder 需要的序列格式

  perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 150 --gff $species.longest_isoform.gff3 --fa $species.cds.fa -p $species -o cds

  #提取pep 转换成OrthoFinder 需要的序列格式

  perl $scriptsdir/get_gene_longest_fa_for_OrthoFinder.pl -l 50 --gff $species.longest_isoform.gff3 --fa $species.pep.fa -p $species -o pep

done