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只要是GFF文件格式不影响分析的，你分析就行。第二个GFF文件的序列ID名字特殊也是染色体ID，有能力的可以改过来后续分析更直观一些；不改也可以分析；
老师，还有这种的gff'3，带##的
像下图这种带###分割的呢？这种也可以直接上传吗？
学习要认真仔细，#号是注释行，忽略即可：https://www.omicsclass.com/article/306
老师，我的不同基因组的gff格式不同，导致后面提取cds，pep的基因id也不同，有的以chr命名的；这个怎么办呢？统一一下gff的格式？像您上面说的是将第一列改成Chr1吗？
不需要统一，都是gff文件格式就行
老师，我完成cds和pep的提取之后，>后面基因id的保留不是很正确怎么办？
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#号开头的行没问题的；程序一般不读这些行；
老师，还有这种的gff'3，带##的
像下图这种带###分割的呢？这种也可以直接上传吗？
学习要认真仔细，#号是注释行，忽略即可：https://www.omicsclass.com/article/306
老师，我的不同基因组的gff格式不同，导致后面提取cds，pep的基因id也不同，有的以chr命名的；这个怎么办呢？统一一下gff的格式？像您上面说的是将第一列改成Chr1吗？
不需要统一，都是gff文件格式就行
老师，我完成cds和pep的提取之后，>后面基因id的保留不是很正确怎么办？