老师,请问泛基因家族成员鉴定中,hmmer结构域搜索;;我有两个结构域,而hmmersearch一次只能筛选一个结构域;请问如何筛选同时含有两个结构域的呢;请问这两条指令如何修改?

老师,请问泛基因家族成员鉴定中,hmmer结构域搜索;;我有两个结构域,而hmmersearch一次只能筛选一个结构域;请问如何筛选同时含有两个结构域的呢;请问这两条指令如何修改?hmmsearch --domtblout ./${ind}.CDPK_hmmerOut.txt --cut_tc ./CDPK.hmm ./${ind}.gene.pep.fasta和grep -v "^#" ${ind}.WRKY_hmmerOut.txt|awk '$7<1e-5 && ($19-$18)/$6>0.9  {print $1}' |sort|uniq > ${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_e_len.list

grep -v "^#" ${ind}.WRKY_hmmerOut.txt|awk '$7<1e-5 && ($19-$18)/$6>0.9  {print}' >${ind}.WRKY_hmmerOut.cut_e_len.txt

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  • 胡胡 提出于 2025-02-15 10:25

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