CAZy注释阶段,hmmer的太慢占用cpu只有一直很少

run_dbcan \

  --out_dir $workdir/6.annotation/CAZy \

  --db_dir $Database/CAZy/db/ \

  --tools diamond hmmer \

  --dia_cpu 40 \

  --hmm_cpu 40 \

  $workdir/5.pred_cluster/cluster/protein.fa \

  protein

如何设置参数

attachments-2025-02-P3vQ4ms367b553ad230eb.png

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2 个回答

xun - 电路元件工程师

hmmscan多线程效率很低,可以调低一点线程数反而会快一点

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murakami

哪设置cpu大概多少合适呢,还有hmmscan的注释就是比diamond慢很多吗

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  • murakami 提出于 2025-02-19 11:45

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