比较基因组构建进化树,通过seqkit进行序列合并时内存爆满导致kill

您好,我在进行进化树构建,运行seqkit concat aln_out/*.pep_aln.renamed  >  single_copy.pep_msa.fasta这条命令是被killed,原因是跑满了我的512GB的运行内存导致的,我想问下这到底是什么问题?

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1 个回答

Ti Amo

处理大文件时,Seqtk 可能会占用大量内存,导致系统资源不足或程序崩溃,根据具体需求,调整 Seqtk 的参数以减少内存使用。例如,使用 -C 参数折叠长行

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  • 陈黑手 提出于 2天前

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