老师您好，我想问下我在做甜瓜基因结构注释时，使用augustus进行从头注释，liftoff进行同源注释，pasa进行转录本注释以后，得到的结果evm.out.gff中的基因数量在20000个左右，但是相关文章中已经有30000+的基因注释了，那怎么去提升注释的结果啦。
从头注释里面用到了哪些软件？可以尝试增加从头注释的软件数目。同源注释用GeMoMa，多参考一些物种。
基因组基因注释不理想，检查BUSCO评估基因组组装完整性，组装质量差的基因组注释基因数量少也正常；
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