老师，在泛基因列表构建时，总共113个基因组，成功提取了最长转录本，提取bed文件，但提取cds文件时，有一个文件A10总是失败，不知道什么原因。

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2 个回答

omicsgene - 生物信息
擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

基因组及GFF文件不建议到NCBI上下载，格式不标准，导致代码报错，建议去别的网站找找其他的；

Connie
Connie

老师，我的基因组数据不是NCBI下载的，是谷子一个综合数据库网站上一起下的，http://111.203.21.71:8000/download.html麻烦您帮忙看一下，好像是A10与其他基因组注释信息格式有区别

  • 2025-02-27 19:03
omicsgene
omicsgene 回复 Connie

谷子的基因组到ensembl数据库下载吧

  • 2025-02-27 21:04
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Connie

老师，我的基因组数据不是NCBI下载的，是谷子一个综合数据库网站上一起下的，http://111.203.21.71:8000/download.html麻烦您帮忙看一下，好像是A10与其他基因组注释信息格式有区别

omicsgene
omicsgene

GFF格式不标准，你需要去GFF里面把这些基因处理一下

  • 2025-02-27 21:05
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  • Connie 提出于 2025-02-26 15:25

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