根据测序得到的pacpio和hic数据,根据咱们的T2T课程,主要利用hifiasm和Allhic软件进行初步组装和染色体挂载,结果显示19条染色体大小极不均匀,出现了一条超级染色体,如下图:希望帮忙看看分析代码问题(附件:1组装流程简化.sh),下文为简单的分析流程总结。
图没有贴出来,也没看到分析流程总结。大小不均匀可以看一下近缘物种是否存在这个现象。超级染色体内部Hi-C信号都很强吗?可以根据3D-DNA的juice box进行手动的切割划分试试
问题咨询(1).docx1组装流程简化(1).sh
老师好,组装流程和问题以用附件形式上传,近缘物种染色体之间比较均匀