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老师，我用cellchat画图，为什么经常会遇到莫名其妙多了最后一列呢？试了好多参数都去不掉，是什么原因呀？

我发现老师你写的html的文档也有这个情况，

这最后一列不能去掉吗？

还有就是，画这个图的时候，compare这个函数是真的在两组做比较吗？展示在bubbleplot的数据不是原始的prob的值吗？我输入（1，2，3，4），输入四个dataset的话，也是能跑的，展示的数据，看似也是合理的。感觉就是四组各自原始的数据放在一起展示而已。不知道是不是这样

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分类：转录组

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1 个回答

omicsgene - 生物信息 2025-03-10 10:56

擅长：重测序,遗传进化,转录组,GWAS

刚刚测试了一下，可能是cellchat的bug，可以换成细胞类型序号绘制这个图，下面的代码获得细胞序号：

print("设置感兴趣的细胞类型对应的细胞序号")
print(paste(1:length(levels( cellchat@idents )),levels( cellchat@idents ),sep=":")) #单独的
print(paste(1:length(levels( cellchat2@idents$joint )),levels( cellchat2@idents$joint ),sep=":")) #合并的

之后绘图用序号代替细胞类型，就正常了；

netVisual_bubble(cellchat, 
                 sources.use = c( 1 ), 
                 targets.use = c(4, 5, 6 ))

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